Sulton Husayn Mirzo Boyqaro 1438 yil iyul oyida Hirotning sharqi-shimolida joylashgan “Davlatxona” deb nomlangan saroyda olamga keladi.
Sulton Husayn Mirzo Boyqaroning otasi Sulton G’iyosiddin Mansur Mirzo nasl-nasabi jihatdan Boyqaro Mirzoning uchinchi o’g’li edi. Boyqaro Mirzoning otasi Amir Temurning ikkinchi o’g’li Umarshayx Mirzo bahodirning kichik o’g’li edi.
Onasi Feruza begim ota tomonidan Amir Temurning katta qizi, Og’o begimning o’g’li Sulton Husayn Mirzoning qizi edi. Feruza begimning onasi Qutluq Sulton begim esa Mironshoh Mirzoning qizi edi. Darhaqiqat, Sulton Husayn Mirzo Boyqaro, Zahiriddin Muhammad Bobur Mirzo ta’riflaganidek, “Karimut-tarafayn”, ya’ni har ikki tomondan ham nasabi Amir Temur Kuragonga tutashardi.
1445 yilda Sulton G’iyosiddin Mansur Mirzo vafot etadi. Bu paytda Sulton Husayn Mirzo yetti yoshda edi. U 14 yoshigacha maktabda o’qiydi.
Tarixchi G’iyosiddin bin Humomiddin Xondamirning yozishicha, 1452 yil kuz oylarida 14 yoshlik Sulton Husayn Mirzo onasi Feruza begim bilan kengashib, Hirot hukmdori Abulqosim Bobur Mirzo saroyiga xizmatga kiradi.
1454 yil kech kuzda Abulqosim Bobur Mirzo Samarqandga qarshi muvaffaqiyatsiz yurish qiladi. Bu yurishda 16 yoshli Sulton Husayn Mirzo ham birga edi. Samarqand hukmdori Sulton Abusayid Mirzo Abulqosim Bobur Mirzo qo’shiniga qaqshatgich zarbani bergach, har ikki hukmdor o’rtasida sulh bitimi imzolanib, mazkur yilning 25 dekabrida Abulqosim Bobur Mirzo Hirotga qaytadi. Biroq Sulton Husayn Mirzo o’z valine’mati Abulqosim Bobur Mirzo bilan birga Hirotga qaytmaydi. U Samarqand hukmdori Sulton Abusayid Mirzo saroyida qoladi. Sulton Husayn Mirzoning Samarqandda qolishi bejiz emasdi, albatta.
Feruza begim eri Sulton G’iyosiddin Mansur Mirzodan ko’rmagan ro’shnolikni o’g’li Sulton Husayn Mirzodan ko’rish orzusida yashardi. O’g’liga yoshligidanoq ulug’ bobosi Amir Temur haqidagi qissalardan so’zlab, qulog’ini pishitar hamda ulug’ maqsadlar va buyuk martabalarga havas uyg’otishga tirishib kelardi. Aslida Feruza Begim Abulqosim Bobur Mirzoga nisbatan, Sulton Abusayid Mirzoning qudratli va davlatmand hukmdor fahmlab, o’g’li Sulton Husayn Mirzoga Samarqand saroyida xizmat qilishga ijozat ham bergan edi. Shuningdek, Sulton Abusayid Mirzo saroyida xizmat qilayotgan shahzodalar orasida Umar Shayx Mirzo avlodiga mansub shahzodalardan bir nechasi bor edi. Bular yoniga Sulton Husayn Mirzo ham borib qo’shiladi. Biroq ko’p o’tmay Sulton Husayn Mirzoning amakivachchasi Sulton Vays Mirzo (Muhammad Mirzoning o’g’li) hukmdor Sulton Abusayid Mirzoga qarshi isyon ko’taradi. Isyonchi shahzodadan xavfsiragan Sulton Abusayid Mirzo o’z mulozimatida bo’lgan 13 nafar shahzodalarni hibsga oladi. Tabiiyki, mazkur shahzodalar orasida Sulton Husayn Mirzo ham bor edi.